Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e 2nd Season atau dikenal Classroom of the Elite II, menceritakan Kehidupan di kapal pesiar setelah Ujian Khusus Pulau sama sekali tidak berjalan mulus. Segera setelah mereka kembali, siswa tahun pertama Sekolah Menengah Pengasuhan Lanjutan Metropolitan Tokyo menghadapi ujian khusus lainnya, dengan poin kelas dan individu dipertaruhkan. Selain aturan yang rumit, lebih banyak masalah muncul pada Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil tes sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengalahkan setiap kelas dalam tantangan baru menggunakan segala cara yang diperlukan. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir runtuh karena tekanan masa lalunya. Kini panggung sudah siap bagi Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi—menggunakan seluruh perencanaan, pandangan jauh ke depan, dan manipulasi kejamnya—mengarahkan Kelas D menuju kemenangan saat pasukan musuh yang sangat dekat mencoba menjatuhkannya.
